Professore ordinario di Storia contemporanea presso la Libera Università di lingue e comunicazione Iulm di Milano, Formigoni ha studiato storia internazionale con Ottavio Barié all’Università Cattolica di Milano e ha lavorato per quindici anni presso l’Archivio per la storia del movimento sociale cattolico in Italia, diretto da Sergio Zaninelli.
Ha insegnato anche all’Università di Bologna e alla Scuola di comunicazioni sociali dell'Università Cattolica di Milano.
E’ condirettore della rivista quadrimestrale «Ricerche di storia politica» (Il Mulino editore).
Coordina il comitato scientifico per la pubblicazione dell’Opera omnia del cardinal Carlo Maria Martini. Fa parte del Comitato scientifico internazionale di Civitas – Forum of Archives and Research on Christian Democracy; del Consiglio scientifico dell’Istituto per la storia dell’Azione cattolica e del movimento cattolico «Paolo VI» di Roma (Isacem); del Gruppo di lavoro per la ricerca storiografica su Aldo Moro istituito presso l’Accademia Aldo Moro; del Comitato di consulenza del Centro studi su politica estera e opinione pubblica di Milano; del gruppo di consulenza scientifica della Società editrice Il Mulino nel campo della storia.
Ha presieduto dal 1999 al 2008 l’associazione Città dell’uomo (che si occupa di formazione e cultura politica) e diretto la sua rivista, «Appunti di cultura e politica». E’ stato anche redattore della rivista «Il Mulino» e dell’«Annale» della Sissco (Società italiana per lo studio della storia contemporanea).
