Nato a Zogno (BG) nel 1953, Ghilardi è sacerdote dal 1977.
Dopo aver ricoperto vari incarichi, è stato Assistente nazionale dell'Azione Cattolica Italiana per il Settore Giovani dal 1997 al 2002; negli stessi anni è stato padre spirituale al Pontificio seminario lombardo di Roma.
Rientrato in diocesi, è parroco a Zanica e membro del Consiglio presbiterale diocesano.