Sacerdote dal 1984, proveniente dalla diocesi di Cremona, Perego è stato nominato Vescovo di Ferrara Comacchio nel 2017.
Responsabile area nazionale di Caritas Italiana dal 2002 al 2006, e del Centro Documentazione Caritas e Migrantes dal 2006 al 2009, nel dicembre 2009 è stato nominato dalla CEI Direttore generale della Fondazione Migrantes fino al 2016.